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而在广东，
孙文与桂系矛盾，已经到了水火不相容的地步，在这种情况下，为了寻求革命势力的支持，孙文让正在拜访唐继尧的章太炎，顺便川省与杨兴等革命同志进行会谈下
支持孙文护法主张的势力，包括三方面：一是西南军阀；二是孙文系；三是海军。
在孙文率领非常国会到达广州后，与西南军阀矛盾就尖锐化。
陆荣廷公开对众人说道：孙大炮之政府，乃空头政府亦。对孙文向各地发放电报，则需要收取现金。需要一手交钱一手发报，没有钱，根本不允许发报。
而唐继尧也公开宣称，自己不承认孙文之护法军政府亦。
二人都坚决推辞，不愿意就任护法军政府元帅。
而孙文在建立护法军政府的做法，也让海军产生深深的疑惑，与孙文渐行渐远。
在决定护法军政府的时候，有人建议采用合议制，还有一些人建议公推陆荣廷为西南盟主，以此来主导护法事宜。
特别是海军，本来跟随孙文南下，是因为孙文从德国人那里搞了200万马克钱，但是到广东后，银钱无着。
而在这个时候，掌握两广财政的桂系为了孤立孙文，允诺每月拨付10万大洋作为海军军饷。
在这种情况下，海军遂因此而转向，“先是依违于桂系和孙文之间，以后更??倾向桂系”
现在看到孙文过于理想化，竟然抛弃与西南军阀和好之机会，自己担任起护法军政府大元帅，如此必然将桂系搞到堆里面上，从而演变成内部矛盾。
在这种情况下，包括伍廷芳、唐绍仪、程璧光、李烈钧等人士也认识到孙文在蛮干，如此做法，怎么不会失败，而不肯就职。
在这种情况下，孙文被迫任命了一批中华革命党的骨干和原同盟会或国民党的激进分子代理各项工作，以此才避免护法军政府空转。
但是在这种情况下，桂系与孙派矛盾，势同水火，双方都想将对方赶出去，如此演变成更大的冲突。
国民党激进派玩弄民意，组织几个代表团到大元帅府状告桂系督军莫荣新，说什么莫荣新开设烟馆、赌局，征收苛捐助杂税，开得民不能聊生。广东人民非常怨恨，希望孙文可以严惩莫荣新。
要知道护法军政府到达广州后，那帮国会议员，那个不是自视清高，烟馆、赌局层出不穷。
而得到这个消息后，孙文以此为借口，1917年底决定以武力驱逐桂系督军，命令海军炮轰督军署所在地观音山。但是程璧光唯恐开罪桂系，拒绝执行，并把海军舰艇都调至黄埔，严加看管，以防孙文直接指挥海军。
不久，发生一桩大事，那就是海军打死了孙文侄子。
原来为了建立护法军政府，孙文子侄全部上阵，其侄子孙振兴从海外归来，积极帮助孙文招募军队。
孙文看到海军不听自己的，甚为恼火，让国民党激进派，侄子孙振兴大肆招兵买马，大概是认为，你们不服从我，是不是认为我力量弱，若是我兵力强大后，到时候看你还服不服气。
这日经过黄浦江，孙振兴运送新兵经过黄浦江的时候，被海军临检。
孙振兴仗着海军与自己叔父的良好关系，一副公子哥派头，如此之下，与海军发生对峙。
海军一些士兵气恼不过，开枪将孙振兴打死了。
听到这个消息，孙文当即咳血，声言孙振兴被杀，如此深仇大恨，必然要报（不知道后来程璧光被暗杀，是不是与这个有关。反正在程璧光被暗杀后，孙文说程璧光是烈士）
看到孙文与海军矛盾激化后，莫荣新感到万分高兴，立马准备报复了。
听闻孙文卫队中有人过去从匪，当即以孙文卫队通匪为名。1918年1月，莫荣新拘捕了大元帅府卫队十名新兵，枪毙连长、排长和卫兵多人。
正在会议室开会的孙文，听到这个消息后，悲愤得掉下眼泪：“莫荣新这贼人，杀害我多名同志。为了大局，我一直容忍着他，如今他却开始屠杀无辜良民，如果再不惩罚他，将会祸害无穷。”
鉴于上次没有指挥动海军，当夜十二点，孙文登上“同安号”军舰，向驻扎在观音山（今粤秀山）的莫荣新督署开炮。
舰长犹豫不决，双手发抖，不敢开炮。孙文气得怒目圆睁，一手拨开舰长，亲自打了几炮，然后督促炮手：“你们就照我这样开炮。”顿时，连珠似的炮弹，隆隆作响，惊天动地直朝督军署射去。放了一轮炮弹后，大地死亡一般的沉寂。
孙文感到纳闷，转身吩咐卫士黄惠龙、马湘：“你们去搜索一下。”参军祁耿寰连忙劝告陟中山：“万万不能，万万不能。想必莫荣新早已有了准备，若贸然地过去搜索，可能会白白牺牲。”孙文又用望远镜仔细观察，发现荒草之中果然有许多人影。事后孙文才知道，早有人把炮击督军署的计划密告给莫荣新了。
第二天，莫荣新穿着白夏布长衫，手执长烟杆，只身来见孙文。孙文开门见山地说：“我为什么要用大炮轰你？因为你执掌广东军政大权，却弄得民不聊生。国家的主人是人民，你地却将主人如此虐待，实在是违法乱幻到了极点！”莫荣新听后，一时之间无言以对。
孙文继续说：“你知道吗？现在广东同胞有代表来见我，要我将你从严处罚。”
莫荣新连忙很恭敬地回答道：“是我的错，我干得不好。”我来时没有坐汽车，沿途步行视察市面，觉得商业十分萧条，但有很多烟馆和赌馆，我回去后必定大力整顿，不负广东人民的托付……”
如此做法，方避免桂系与孙文全面对抗。
但那以后，为了反制孙文之元首政府，1918年1月，由桂系发起，要求改组军政府，规定以滇系唐继尧，桂系陆荣廷和海军程璧光为联合军事代表，而孙文则只居一个政务委员空名。
2月，又由国民党稳健派人士出面，正式提出改组军政府的主张，并拟定《中华民**政府组织大纲修正案》七条，其中心用意在于改大元帅单独首领制为若干总裁合议制，从而将孙文等激进主张排挤。
可以说孙文与海军、与桂系，那些有国仇家恨，有同志的鲜血，而与杨兴，则主要是理念争执。
而此时，杨兴所任命的驻军护法政府总办杨庶堪赶到广州，在孙文的重要幕僚，大元帅府参议，代秘书长谢持陪同下，前往拜会孙文。
谢持(1876－1939)国民党官僚。四川富顺人。原名振心、字铭三，又字慧生。后曾改作愚守。死后也是国民政府明令国葬之人。
谢持早年参加同盟会，与熊克武、杨庶堪等人多次组织与领导川人反对清王朝统治，在蜀军政府于重庆成立后，任总务处长。
辛亥革命胜利后，谢持当选参议院议员。在宋教仁被刺身亡后，谢持与黄复生、宋教仁秘书周予觉等人密谋刺杀袁世凯，因谋事不周，致周予觉被捕叛变，供出所谓“血光团”暗杀活动成员，致谢持等多人先后被捕入狱。
袁世凯得悉抓获了刺杀他的“乱党骨干”，欲将谢持等人处以极刑，遭到参议院以“擅捕议员”为名的严正抗议，加之谢持等人入狱后拒不吐实，一时无法落实“血光团”的谋杀证据，迫于压力，袁世凯便耍了个花招，一边答应放人一边准备派人将这些人放出后再加以暗杀，然后又嫁祸于人。
此次刺杀行为为谢持在国民党内部赢得巨大声誉，在那之后，谢持出狱，远走日本，获得国民党内主持党务的陈其美欣赏，并获孙文的信任与倚重，在党内地位扶摇直上，与杨庶堪一道成为革命党在四川主盟人，现在担任党务部长，护法军政府代理秘书长（1921年任秘书长）
在川省内部，谢持、杨庶堪、颜德基、黄复生、卢师谛等人组成实业团，秉持孙文意志，与熊克武等人组成的九人团相对抗。
乃川省重要的革命领袖，在反对袁世凯失败后，一向作为孙文重要幕僚在其身边工作，最后成为西山派领袖，国民党右派重要头目。
他反清，后来也**；他拥护孙中山，后来成为“西山会议派”领头人；他曾反蒋介石，后又拥蒋；他制造了分裂，又四方奔走呼吁团结；晚年他又为抗日奔波，尽显拳拳爱国之心。
特别是在其死后，蒋介石明令国葬，可以说荣集一身。
现在，看到老友杨庶堪被排挤到羊城，满脸铁青，一面引着杨庶堪前往大元帅府，一面数落道：沧白，想不到，想不到这个杨兴竟然过河拆桥，我们革命党人帮助其在护国战争中，成为川督方面出了大力气。现在可好，刚刚成为川督，就宣布搞什么中国人民党，与孙先生抗衡，就将沧白兄排挤出来，还美名借助沧白兄的名气，改善与护法军政府的关系。
杨庶堪叹了一口气，看着颇为义愤的谢持，拍了拍肩膀道：慧生啊，这个杨兴难以理解。不过，这总算好的，杨兴不是说为了改善与护法军政府关系，任命愚兄为驻护法军政府总办，一年办公开支可是有3万个大洋，如此也可改善大元帅府拮据的经济状况啊。
谢持一听，大喜，拉住杨庶堪的手道：沧白兄，辛苦你了。