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现在还剩下一个平西将军、荆州刺史司马休之。
司马休之是晋王朝的宗室，他代刘毅为荆州刺史后，深得江、汉一带人心，刘裕觉得他是自己将来的一个障碍，就想除掉他。
义熙十年，刘裕先以其性情凶暴的长子司马文思多行不法为由，把文思送给司马休之，让他严加训诫，实际上是要他杀掉他的儿子——这实在是强人所难。司马休之只是上表朝廷废黜儿子的继承权，并向刘裕表示道歉而已。
到了次年正月，刘裕在京都收捕司马休之的儿子文宝和侄子文祖，随即杀了他们，然后率领大军西讨司马休之。
雍州刺史鲁宗之自疑终究不能为刘裕所容，就率领他的儿子竟陵太守鲁轨起兵响应司马休之。刘裕派参军檀道济和朱石挺进襄阳，江夏太守刘虔之率兵聚粮等待他们，但檀道济迟迟不来，鲁轨袭击刘虔之并杀了他。刘裕又派其女婿振武将军徐逵之率领参军蒯恩等挺进江夏口（长江与夏水交汇口，在今湖北沙市境内），徐逵之等与鲁轨激战，兵败被杀。刘裕时在江陵城对岸，得知女婿死况，大怒，亲自披甲渡江，司马休之四万兵一时崩溃；刘裕又派遣武陵内史王镇恶等追击，司马休之与鲁宗之鲁轨父子北逃后秦。
朝廷加刘裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，任命其弟刘道怜为荆州刺史。
剑履上殿，就是重臣上朝时可以不解佩剑，不脱鞋子；入朝不趋，就是上朝时不必小步快走，可以迈着方步；赞拜不名，是指朝拜皇帝时，赞礼的人不直呼其姓名，只称其官职：这都是帝王给予重臣的一种特殊礼遇。最早是刘邦因萧何“功第一”而给予萧何的礼遇，但也只有“剑履上殿，入朝不趋”两条，后来董卓也享有了这种待遇；到了曹操，就变成了三条“赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿”，还说是“如萧何故事”。曹操以后，这三条基本上就连用了。
义熙十二年（公元416年）正月，朝廷加刘裕兖州刺史，都督二十二州诸军事，以其十一岁的世子刘义符为豫州刺史。三月，朝廷又加刘裕中外大都督。所谓朝廷，当然都是刘裕或其亲信的意思。
这年二月，后秦主姚兴死，其子姚泓即位，兄弟相杀，关中扰乱。
到了八月，刘裕让左仆射刘穆之入居东府总摄内外，太尉府左司马徐羡之协助他，自己亲率大军北伐后秦：龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率步兵从淮河、淝水挺进许、洛，新野太守朱石、宁朔将军胡藩挺进阳城（在今河南登封东南），振武将军沈田子、建威将军傅弘之挺进武关（在今陕西丹凤东南），建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领水军从汴水进入黄河，以冀州刺史王仲德督前锋诸军。
王镇恶、檀道济进入后秦境内，所向披靡，后秦徐州刺史姚掌和兖州刺史韦华相继投降，随后晋军又攻克许昌。王仲德的水军进入黄河逼近滑台（在今河南滑县东滑县城，北临古黄河，军事要地。后为北魏四镇之一），魏守将兖州刺史尉建弃城渡河，王仲德占据滑台，魏人斩了尉建投尸黄河。
到了十月，后秦洛阳守将陈留公洸被迫出降，檀道济进入洛阳。朝廷下诏派遣高密王司马恢之祭扫五帝陵（晋之三祖宣、景、文陵墓和晋武帝、晋惠帝陵），太尉刘裕让冠军将军毛修之戍守洛阳，主持司州事务。
十一月，刘裕派遣左长史王弘回建康讽朝廷求九锡。九锡，是天子赐给诸侯、大臣的九种器物，是一种最高礼遇。魏晋六朝掌政的大臣将要夺取政权、建立新王朝都会沿袭王莽篡汉先邀九锡故事，后来以九锡为权臣篡位的先声。当时刘穆之留任京都，他见王弘带着旨意从北方来，自觉迟钝——刘公那么信任自己，而自己却不能体会刘公的心意，刘公岂不要责怪自己不够忠心吗？于是在忧惧之中病。
十二月，朝廷下诏以刘裕为相国、总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备九锡之礼，位在诸侯王之上，刘裕对朝廷给予他的厚礼又辞让不受。这都是他学前人的样子：一方面要给自己造势，另一方面又摆出高姿态以赢得声誉。
义熙十三年（公元417年）正月，刘裕率领水军从彭城（今江苏徐州）出，带着被封为桂阳公的次子刘义真，一同前往，留下第三子彭城公刘义隆镇守彭城，朝廷随即任命刘义隆为徐州刺史。
其后刘裕的大军从淮河、泗水进入清河，然后再进入黄河，溯流西上，他们派使者向魏人借道，魏主拓跋嗣派十万兵驻扎黄河北岸以防晋军入侵。在刘裕西行的过程中，魏兵数千骑兵始终沿着北岸监视晋军西行，晋军船只有因风漂流到北岸的，魏军就杀了船上的军人，这大大激怒了刘裕，他令壮士丁旿带领七百人渡河，在岸边摆好却月阵，然后张设大弩，魏军包围他们，大弩用不上了，他们又改用大锤锤击短矟，一矟能贯穿三四个人——矟是一种长杆的矛,截断长杆就成短矟。魏军不能抵挡，崩溃，晋军乘势追击，杀死、俘虏了上千人，临阵斩了魏的冀州刺史阿薄干。
晋各路军虽有阻碍，但总势节节向前。
四月，刘裕到达洛阳。七月，进入陕县（在今河南三门峡）。
八月，刘裕进入潼关。此时王镇恶率领水军从黄河进入渭水，直趋后后秦都城长安，后秦军奋力抵抗，王镇恶身先士卒，在长安东北的渭桥大破秦军，前来援救的秦主姚泓单马逃回宫中。王镇恶攻破北门，姚泓见大势已去，不得不带着他的妻子儿女和群臣到王镇恶的军营门前投降。
九月，刘裕进入长安，他对前来迎接的王镇恶说：“成就我霸王大业的，是卿啊！”
刘裕把收缴来的后秦的彝器、浑仪、记里鼓、指南车等送往建康，其余金玉珍宝都奖赏给了将士，而对前来投降的后秦贵族，刘裕把他们都杀了——他的这一做法往往为世人诟病。原先逃亡后秦的司马休之和鲁轨等尽皆逃亡北魏。随后，刘裕又把姚泓送往建康，斩之于闹市。
至此，后秦历三帝三十四年而亡。
在前后八年的时间里，刘裕灭了北方十六国中的两个国家，这在建都江南的政权里，还没有人能做到。
刘裕原准备继续经略赵、魏，即平定中原，这时留守京都的刘穆之病亡，刘裕觉得根本无所托，或许会出现意外，于是决定尽快东回，留下十二岁的次子桂阳公刘义真镇守长安，任命他为安西将军、雍州刺史，同时留下心腹将领辅佐他：太尉咨议参军王修任长史，王镇恶任司马兼冯翊太守，沈田子、毛德祖任中兵参军。
三秦（秦王朝灭亡，项羽把秦故地关中三分）父老听说刘裕要东归，失望之余流泪挽留：“残民不沾王化，至今百年；见王师奏捷，人人相贺。长安十陵是公家坟墓，咸阳宫殿是公家室宅。为何弃此东归？”刘裕闻言叹息，但不得不离开长安。
——历史往往是相似的。六十年前，桓温率领晋军在关中打败前秦取得巨大胜利，三秦父老感动流泪：“想不到我们还能在活着的时候看到官军回来！”但随即桓温撤退，最终败归。这一次的不同只是刘裕并非败归，并且还留下了一支强劲的部队镇守。
义熙十四年（公元418年）正月，晋军的内乱开始了：沈田子因与王镇恶有私怨，假称受太尉令，杀了王镇恶；义真得知后，就带着人和王修一道去杀了沈田子。
六月，太尉刘裕才受相国、宋公、九锡之命；宋国依照朝廷的制度设立百官：左长史王弘为仆射，负责选举官员，从事中郎傅亮、蔡廓同为侍中，谢晦为右卫将军，行参军殷景仁为秘书郎。
十月，有将领在义真面前诋毁王修：“王镇恶想谋反，沈田子就杀了他；王修杀了田子，也是想谋反！”这个少年只有十二岁——十二岁还是虚龄，古人以虚数记龄，除夕出生，过了几个时辰到了大年初一就是两岁了。一个十二岁的娃娃率军驻扎在这里，他原只起一个符号的作用，或者说是一个象征，他哪里有什么分辨的能力！这个少年信以为真，就让人杀了王修。
一时关中大乱。刘裕得知后急忙派辅国将军蒯恩去长安召义真东归，让朱龄石去代替义真为雍州刺史：“若关中不可守，就和义真一同回。”
十一月，朱龄石到达长安。晋军听说要东归，就大肆掠夺财宝、女人，装了一车又一车。
建都统万（在今陕西靖边县境内）的夏主赫连勃勃得知这一消息后想占有晋军灭后秦的果实，派三万骑兵急追晋兵，在青泥（在今陕西蓝田）大战，晋兵大败，义真与将佐散失，独自逃入草丛中，幸亏中兵参军段宏单马追寻，把他系在背上骑马逃回。辅国将军蒯恩和司马毛修之等被夏兵俘虏，朱龄石、朱石兄弟同被赫连勃勃杀死。
——桓温最后一次北伐的对象是前燕，后来晋军屡遭挫败，桓温被迫烧掉船只，丢弃辎重，从6路撤退；慕容垂就率大军紧紧跟随，跟了几天几夜，见晋军尽显疲态，就纵兵四击，晋军大败，被斩三万级。可见败逃的路往往是多么艰难，也是多么相似。
刘裕听说青泥大败，还不知道义真死活，准备再度北伐，后来谢晦和郑鲜之极力劝阻，而段宏也带着义真归来，他才没有成行。
尽管青泥大败，但是到这个时候，刘裕依靠南征北战，已经使得晋王朝的领土大大扩展，东部包括青州、兖州（在今山东境内），西部至关中（今陕西渭河流域一带），大体拥有了黄河以南的土地。这也使他的地位得到了空前的提升。