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伴随着一次次的胜利，刘裕也一步步地逼近了帝座，但他觉得时机还不成熟，因为当时有谶语（古代巫师、方士等以谶术所作的预言）说“昌明之后有二帝”——昌明是晋孝武帝司马曜的字，所以他要在安帝之后再立一个皇帝以凑足“二帝”。.他指使中书侍郎王韶之与帝身边人密谋鸩杀安帝而立安帝同母弟琅邪王司马德文，但琅邪王与帝形影不离，王韶之不得下手。
鸩，相传是一种毒鸟，江东一带的大山中都有，它吃蝮蛇，体有毒，古人谓之鸩毒。用它的羽毛泡酒，饮之即死。在古代，用鸩酒杀人的事不绝于史：前汉时传言王莽鸩杀了十四岁的汉平帝，后汉时大将军梁翼鸩杀了年仅九岁的汉质帝。
十二月十六日，恰逢琅邪王有病居外，王韶之就用衣服勒死了安帝。随即刘裕称遗诏奉琅邪王司马德文即皇帝位，这就是晋代的末代皇帝晋恭帝。
次年正月初一，改元为元熙元年（公元42o年）。
七月，宋公刘裕始受进爵之命——他不是宋公了，他是宋王了；
八月，宋王刘裕移镇寿阳（在今安徽寿县，它地处南北交通要冲，是淮南军事重镇，时为豫州刺史治所）；
九月，宋王刘裕自解扬州牧，以其次子义真为扬州刺史。
十二月，晋帝下诏宋王建天子旌旗，出警入跸，乘金根车，驾六马；进王太妃为太后，世子刘义符进为太子。
元熙二年（公元42o年）春，宋王刘裕想受禅，但难以开口，于是就在寿阳聚集僚佐宴饮。酒至酣时，刘裕对众人说：
“桓玄篡夺皇位时，鼎命已经他移。我唱大义，兴复晋室，南征北战，平定四海，功成业就，被封宋王。现在年已衰残，爵位已极，自古物忌盛满；盛满，则难以久安。此次回京后，我将奉还爵位，归老乡里。”
僚佐们只是盛赞他的功德，未解其意。
到了傍晚席散，已经出了宫门的中书令傅亮才醒悟过来，立即叩门请见；刘裕开门迎接，傅亮就说：“臣应暂回京都。”刘裕知道他已解己意，也不多说，只问他：“需几人送行？”“数十人即可。”
傅亮到了京都，四月，朝廷征宋王刘裕入京辅政。于是刘裕回京，留其第四子义康为豫州刺史，义康只有十二岁，府、州事务都交给相国参军刘湛全权处理。
六月初九，刘裕到达京都建康。
傅亮讽晋帝禅位给宋王，就把已经草拟好的禅位诏令呈给晋帝，让他抄写。只做了一年半傀儡皇帝的晋帝司马德文欣然持笔，他对身边人说：“桓玄之时，晋氏已无天下。依仗刘公之力，得以延缓近二十载。今日之事，心甘情愿！”于是用红纸抄好诏书。
晋帝司马德文的话的确是由衷之言。晋氏江左以来，有几个皇帝是真正的皇帝？说出了这样的话，他可以安心了，就像一个如惊弓之鸟的逃犯，在归案的那个夜晚，他就能睡一个安稳觉了。
十一日，晋帝逊位，回到了琅邪王府邸，百官拜辞，年近古稀的秘书监徐广泪流满面，悲不自胜。谢晦责怪他，他收泪答道：“身与君不同。君是新朝佐命元勋，逢千载嘉运；身世代蒙受晋德，心中眷恋旧主。”身，是晋、宋时人们的自称。徐广兄徐邈，在晋孝武帝时担任太子前卫率，为孝武帝所亲重。
至此，东晋自元帝建都建康共历一百零四年而亡。
后来，晋帝司马德文也没有睡上几个安稳觉。他被宋王朝奉为零陵王，褚皇后被降为王妃，宋王朝派冠军将军刘遵考率兵防卫；再后来，宋王朝觉得零陵王的存在总是一个威胁，就派琅玡郎中令张伟带着毒酒去鸩杀零陵王，张伟感叹说：“鸩杀君王以求生，不如死！”于是就在路上自饮毒酒而死。太常褚秀之和侍中褚淡之都是褚妃的兄弟，但他们忠于宋王朝，零陵王的妃子只要生了男孩，宋王朝就令他们找机会弄死男婴。零陵王朝不保夕，就与褚妃共处一室，亲自在床头煮吃，他人没有机会下手。到了零陵王禅位一年之后，宋王朝令褚淡之和他的兄弟右卫将军褚叔度前去探望褚妃，褚妃出别屋与兄弟相见，军人就趁此机会翻墙入室，逼迫零陵王饮下毒药；零陵王不肯饮，说：“身信佛，佛教自杀不能复人身。”于是军人就用被子捂死了他。——当然，这是后话。
六月十四日，宋王刘裕在南郊即皇帝位。礼仪完毕，皇帝刘裕从石头城备法驾入建康宫，临太极前殿；随即大赦天下，改晋元熙二年为永初元年；立王太子义符为皇太子，封二皇子桂阳公义真为庐陵王，三皇子彭城公义隆为宜都王，四皇子义康为彭城王；任命弟弟司空刘道怜为太尉，封长沙王；追封弟弟司徒刘道规为临川王，道规无子，以道怜次子义庆为继嗣，袭封临川王爵位。尚书仆射徐羡之加镇军将军，右卫将军谢晦任中领军，原宋国领军檀道济任护军将军。
刘裕在位整整两年，他所建立的刘宋王朝和北方正在崛起的拓跋魏，继续保持着南北对峙的局面。
在这两年间，他使得刘宋政权进入了一个比较稳定的时期。禅代的时候，他已经五十八岁了，在人事安排上，他更着眼于让自己的家人占据国家要地，又因为七个儿子都还年少——太子十五岁幼子才六岁，他也更留意让一些信得过的大臣去辅佐自己的亲属。他随即任命二皇子扬州刺史庐陵王义真为司徒；三皇子宜都王义隆为荆州刺史，进号镇西将军；四皇子彭城王义康为南豫州刺史，进号右将军：每一个皇子的后面都有几个得力的人在辅佐他。
在刘裕末年，他又任命徐羡之为司空，录尚书事，兼任扬州刺史；中书令傅亮任尚书仆射，江州刺史王弘任卫将军；中领军谢晦任领军将军，入值皇宫，总掌禁卫。
永初三年（公元422年）三月，刘裕病重，太尉长沙王刘道怜、司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济一同入侍医药。不久，刘裕病情好转，檀道济出外任为镇北将军、南兖州刺史，镇守广陵；因庐陵王义真多过失，出镇南豫州，镇守历阳（在今安徽和县）。
五月，刘裕病危，召太子刘义符到病榻前作临终遗言：
“檀道济虽有才干，而无远志，非如其兄檀韶有难御之气。徐羡之、傅亮当无异图，谢晦数从我征伐，颇识机变，若有异同，必此人。”——这是告诫太子，诸顾命大臣中檀、徐、傅当不会有什么问题，要提防的话，恐怕只有谢晦了。
稍有好转，他又留下手诏：
“朝廷不须再有别府；宰相兼任扬州，可配置将士千人。国家若有征讨，可配以朝廷现有军队，事毕收回。后世若有幼主，朝廷事务皆委任宰相，母后不必临朝。诸王及大臣仪仗不许进入台城门，要臣可适当给班剑。”
司空徐羡之、中书令傅亮、领军将军谢晦、镇北将军檀道济同受顾命。随即，刘裕驾崩，享年六十。七月，葬于蒋山（今南京钟山）初宁陵。群臣上谥号为武皇帝，庙号高祖。
武帝刘裕一生清简寡欲，严整有法度。他不爱珍玉珠宝，也不喜丝竹管弦，因此后庭没有歌舞之声；他的僚佐殷仲文建议他配制音乐，他说：“整日奔波，哪有空闲听音乐？更何况也不懂音乐。”殷仲文说：“经常听听自然就懂。”他就说：“我正怕懂了就沉浸其中，所以也就不想懂。”
即将北伐的时候，宁州献给他一个光彩绚丽的琥珀枕头，价过百金，他得知琥珀有利于治疗刀枪伤口，就很高兴地让人把琥珀枕捣碎了分给诸位将领。他不爱游乐，后宫妃嫔也少。平定了关中，他喜得姚兴侄女，宠爱她，因此荒废事务，谢晦入谏，他当即放出所宠。他的财物都在外府，内无私藏。宋国初建，操办者建议在东西堂布置曲脚床，用银涂钉，他不答应，于是改用直脚床、铁钉。岭南曾献细布，他憎恶精细劳人，当即让有司弹劾献布的太守，把布退回，并禁止岭南再制作此布。他一向患有热病，又有作战时留下的枪伤，到了晚年常常深受其苦，坐卧都想凉物；后来有人知道了，就献给他一个石床。他睡在上面，感觉很舒服，但是想一想，他就感叹说：“木床尚且费钱费力，何况石床！”于是就让人把它砸了。做了皇帝，他的床头的墙壁上还挂着百姓家常用的葛灯笼和麻绳拂。公主出嫁，陪送不过二十万钱，也没有锦绣金玉之物。
他喜好穿着连齿木屐到神虎门一带散步，左右随从只有十余人；诸子早晨问候他的起居，入閤就脱去公服，只穿戴着裙帽，如家人之礼。
凡此种种，都可见他能成就大业，也非仅仅是因“乱世造英雄”的机遇而已。