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司马氏逼迫曹魏禅位之后，西晋王朝在长安历四帝共五十二年，公元316年晋愍帝司马邺被迫出降匈奴贵族、汉王刘曜，西晋灭亡。——建邺（今江苏南京）也是因为要避司马邺的讳才改称建康的。
第二年，琅邪王司马睿在建康称帝，这就是晋元帝。五年后晋元帝由于受手握重兵、觊觎皇位的王敦（王导的堂兄）的逼迫，在忧郁中驾崩，太子司马绍即位，这就是晋明帝。
在晋明帝闲暇时，大臣王导与温峤侍帝坐，晋明帝就问温峤司马家如何夺得天下。温峤还没有回答完毕，王导就接过话头说：“温峤年轻，还不能尽知详情，请允许臣为陛下叙说。”于是王导就详尽地叙说被晋氏追尊为宣王的司马懿创业之始，如何诛灭名族培植亲信，被追尊为文王的司马昭如何逼迫高贵乡公曹髦，亲信贾充如何指使太子舍人成济、成济又如何用长矛刺穿高贵乡公曹髦的胸膛由胸出背，一直说到文王司马昭立陈留王曹奂、武帝司马炎代魏称帝。
晋明帝听了，就把脸贴在坐**哀叹：“若如公言，晋的命运又怎得长久！”
晋明帝的担忧，后来就真的就成了事实。
晋明帝之后，过了五十年六个皇帝，孝武帝司马曜即位。司马曜在位二十多年，在他三十五岁时，因一句戏言而被他的宠妃张贵人带着奴婢捂死了——那句戏言是：“你都快三十了，该废掉你了”；其后太子即位，这就是晋安帝司马德宗。
安帝又是一个白痴皇帝——司马家已经出过一个白痴皇帝晋惠帝司马衷了，司马衷就是那个听说百姓饿死却问近臣“百姓无粮，何不吃肉糜”的呆皇帝。安帝连寒暑饥饱都不能分辨，于是朝政就落在了他的叔父会稽王司马道子手中，他只是一个名义上的皇帝。无奈司马道子不过是一个酒徒，他常作长夜之饮，于是就把朝政交给亲信小人，其后内部征伐不断，国家一片混乱。
安帝隆安二年（公元398年），镇守京口（兖州刺史治所，在今江苏镇江）的王恭和荆州刺史殷仲堪以及闲居荆州的桓温之子桓玄等人相继起兵讨伐司马道子。随即新安太守、五斗米道教主孙泰也借机起兵，却被司马道子诱杀。他的侄子孙恩逃到海岛上，继续以五斗米道招引流亡，准备复仇。
隆安三年（公元399年)四月，司马道子患病，并且无日不醉，他的世子、中书令兼中领军司马元显见朝望已去，就私下建议朝廷解了他父亲的司徒、扬州刺史的职，由帝之同母弟琅邪王司马德文兼任司徒，司马元显自己担任扬州刺史；其父酒醒后得知，大怒，但已无可奈何。——世子是诸侯王的继承人，往往是诸侯王的嫡长子。
司马元显这个十八岁的恶少掌权后，多树朋党，以原庐江太守张法顺为谋主，朝贵都惧怕他们。
在这朝政混乱民不聊生的时候，孙恩乘机纠合武装从海岛上起兵登6，先杀死了上虞县令，然后进攻会稽郡（治所在今浙江绍兴）。攻破会稽郡城后，他们杀死了才女谢道蕴的丈夫会稽内史王凝之——谢道蕴还拔刀出门杀了几个敌人。一时间，吴郡、临海、义兴等地的郡守纷纷逃命；而包括吴郡、临海、义兴在内的八郡人纷纷杀死当地长官以响应孙恩，十日之间，孙恩的人数达数十万。
朝廷紧张起来了，在戒严的同时，命令北府兵将领辅国将军刘牢之和卫将军谢琰兵讨伐孙恩。
东晋建都建康，故称设在建康之北的军府广陵（今江苏扬州）为北府。孝武帝太元年间，谢玄北镇广陵，当时前秦苻坚正盛，于是谢玄就招募徐、兖二州的劲勇骁猛之士组成了一支精兵，谢玄以刘牢之为参军，率领精锐为前锋，百战百胜，号称“北府兵”，敌人畏之如畏虎。此时，北府兵由刘牢之为统帅，为了剿灭孙恩，刘牢之再次招募骁勇之士。
就在讨伐孙恩的过程中，一个武力过人英勇善战的草莽英雄就此展露头角，他就是小名寄奴的三十七岁的刘裕。
刘裕的祖父刘靖曾担任过东安太守，父亲刘翘只任过郡功曹，到了刘裕的时候，家道中落，他只是粗知文字而已。因家境窘迫，他不得不靠打柴、卖鞋为生。他为人好樗蒲之赌，但输了又无钱兑现，因此颇受乡里轻贱。刘裕凭勇猛善战应选，后来担任刘牢之的参军。
刘牢之让他带着数十人去侦察敌情，结果遭遇孙恩部下数千人，双方激战，随从数十人都死了，而刘裕独自挥舞长刀左右砍杀，杀死杀伤甚众，后来援军到达，大破孙恩军，斩获千余人。在其后与孙恩军的交战中，刘裕常常披坚执锐，身先士卒，且每战皆能摧锋陷阵，有时战至酣时，他和部下都会脱去盔甲，与敌人短兵相接。
在其后的两年间，受到打击的孙恩重振旗鼓，先后杀死了卫将军谢琰和吴国内史袁山松。
到了隆安五年六月，孙恩率领十万将士进逼建康，一时京都震恐，居民荷担而立；其时刘牢之还在山阴（在今浙江绍兴），刘裕日夜兼程，与敌人同时到达建康。在与敌人的交战中，刘裕所领部队奋力拼杀，杀死杀伤敌人甚众。
后来孙恩知道刘牢之已回京都，就撤退了。
因屡立战功，朝廷任命刘裕为建武将军、下邳太守。这时候，出身寒微的武将刘裕总算有了一些地位了。
就在国家处于一片混乱的局面下，像其父桓温一样怀有不臣之心的荆州刺史桓玄早已蠢蠢欲动了，他不把朝廷放在眼里，私自安插亲属亲信把持国家要津，执政的司马元显不能忍受了。
皇帝是白痴，谁执政谁就可以下诏。孙恩刚刚退走，元兴元年（公元4o2年）正月司马元显就在心腹张法顺的怂恿下，下诏宣布讨伐桓玄：他自任元帅，以刘牢之为前锋。
但刘牢之心中怀2，他担心杀了桓玄，将来元显难以对付，于是在军中就派其子刘敬宣去桓玄处媾和，这样，桓玄没有费什么力气就进入了建康，然后杀了司马元显和张法顺等人，废黜司马道子，不久又毒死了他。
这回轮到桓玄下诏了。桓玄称诏，自任都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，兼领徐、荆、江三州刺史，假黄钺；以兄桓伟为荆州刺史，堂兄桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兖二州刺史，侄子桓石生为江州刺史，亲信谋主、长史卞范之为丹杨尹；随即又解了刘牢之的军权，只任命他为会稽内史。
不久前自己还是控制着京口以及江北地区的举足轻重的北府兵大将，一下子就被剥得几乎两手空空，刘牢之被逼得走投无路了，就想举兵反，但又无人响应，于是自缢而死，其子刘敬宣逃奔广陵。刘牢之的部将共同殡殓了他，然后护其丧归丹徒；桓玄听说了，就下令劈开他的棺材割了他的头颅，然后暴尸于闹市。
不久，桓玄出镇姑孰（在今安徽当涂，是建康西南门户），但朝政大事都去咨询他。
元兴二年（公元4o3年）九月，桓玄的亲信殷仲文、卞范之等劝已进号为大将军的桓玄早早受禅，并且已经撰写好了九锡文及册命。不几天，已经被桓玄遥控的朝廷册命桓玄为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，楚国设置丞相以下百官。
到了十一月十七日，卞范之草拟好了皇帝禅位的诏书，派临川王司马宝去逼迫皇帝书写；二十日，皇帝临轩，派遣司徒王谧奉皇帝玺绶，禅位于楚，两天后安帝出居永安宫。随后，百官到姑孰劝进。十二月初三，桓玄在姑孰即皇帝位；初九日桓玄进入建康宫，随即把安帝放逐到寻阳（治所在今江西九江市西南）。
桓玄终于做了他的老父桓温在二十年前一直想做却没有做成的一件大事。
刘裕就等着这一天。